En 1631 estaba en la corte de Dresde como cantante tiple e intérprete de tiorba; había estudiado la tiorba bajo Caspar Kittel. Diez años más tarde Heinrich Schütz lo apoyó en estas posiciones y también como violinista, intérprete de otros instrumentos de cuerda y maestro de los niños del coro. Mientras tanto, en 1634 se encontraba en Dinamarca en el servicio del príncipe Christian; probablemente había acompañado a Schütz allí, y ciertamente lo hicieron por un nuevo período de servicio en 1642. En 1650 cantó en el ballet de Schütz "Paris und Helena" y, trasladado a la capilla de la corte en Halle, cuatro años más tarde sucedió a Samuel Scheidt como director. El duque August había convertido a Halle en un centro de ópera, a la que Stolle fue inmediatamente atraído. Escribió una serie de óperas, todas menos una ahora perdidas; en 1660 renunció a su cargo de Kapellmeister para dedicarse por completo a la ópera, pero permaneció, junto al nuevo director David Pohle, como el músico mejor pagado de la corte.

La importancia de Stolle radica en sus contribuciones al primer Singspiel alemán y en sus canciones. El único Singspiel superviviente definitivamente atribuible a él, "Charimunda", está escrito en la tradición pastoril alemana con un gran elenco, y contiene canciones estróficas y coros. El anónimo Singspiel "Die Hochzeit der Tetis", que abrió la ópera de la corte de Halle en 1654, es una de varias óperas anónimas producidas en Halle hasta 1680 que se han atribuido a Stolle debido a su similitud con "Charimunda" y porque él era el principal compositor allí en ese tiempo. Sus canciones aparecen en una colección de David Schirmer: que el poeta más importante de Dresde ese momento eligiera a Stolle para poner música a 68 lieder estróficos para soprano y bajo continuo es una medida de la gran estima en que lo tenía. Las canciones son similares a las de Adam Krieger más que a las de la escuela de Hamburgo de compositores como Johann Rist en que la música trata el texto con bastante libertad; su popularidad está atestiguada en "Comoedia vom Studenten-Leben" del escritor Johann Georg Schoch (Dresde, 1657).